Jussi Ylikoski on suomalais-ugrilaisen kielentutkimuksen professori Turun yliopistossa, vertaisarvioidun Finnisch-Ugrische Forschungen-lehden päätoimittaja ja Suomalais-Ugrilaisen Seuran ensimmäinen varaesimies. Hän on myös vieraileva määrä- ja osa-aikainen professori Sámi allaskuvla -korkeakoulussa Koutokeinossa.
Jussin erikoisalat saamelaiset ja itämerensuomalaiset kielet sekä vertaileva fennougristiikka näkyvät hänen luottamustehtävissään. Hän on päätoimittanut Suomalais-Ugrilaisen Seuran Aikakauskirjaa ja on sen toimitusneuvoston jäsen.
Jussi on toimitusneuvoston jäsen myös julkaisuissa Eesti- ja soome-ugri keeleteaduse ajakiri, Finnish Journal of Linguistics, Nordic Journal of Linguistics, Puhe ja kieli, Sananjalka ja Suomalais-Ugrilaisen Seuran Toimituksia. Sámis: Sámi čálakultuvrralaš áigečala -julkaisussa hän on vakituinen avustaja.
Jussi valittiin Suomen tiedekustantajien liiton hallitukseen vuonna 2023 ja uudelleen 2026. Hänet asettivat ehdolle Suomalais-Ugrilainen Seura, Kotikielen Seura ja Suomen Kielen Seura. Hän on myös Aasian ja Afrikan tutkimuksen seuran, Saamelaisen tietokirjailijayhdistyksen Sámi fágagirjjálaš čálliid- ja jorgaleaddjiidsearvin, Suomen kielitieteellisen yhdistyksen ja Suomen tiedetoimittajain liiton jäsen.
Lisäksi Jussi kuuluu Julkaisufoorumi JUFO:n paneeliin 21, Tiedonjulkistamisen neuvottelukuntaan (TJNK) ja Tieteellisten seurain valtuuskunnan TSV:n hallitukseen. Alfred Kordelinin säätiön tieteen jaostossa ja Kansalliskirjaston johtokunnassa hän on varajäsen ja Suomalaisessa Tiedeakatemiassa fennougristiikan ryhmän varapuheenjohtaja.
Jussi valittiin liiton hallituksen puheenjohtajaksi huhtikuussa 2026. Hän on myös työvaliokunnan sekä koulutus- ja matkavaliokunnan jäsen ja aktiivinen matkanjohtaja. Aiemmin hän on palvellut tositetarkastajana.
